Самым старейшим Университетом в Баварии является Университет имени Людвига Максимилиана. Основан он был в 14 72 году герцогом Людвигом Богатым в городе Ингольштадт. Это начинание герцога было одобрено Папой Римским. Во время Реформации Университету принадлежала важная функция: выступать против Мартина Лютера и его соратников. После этого Университет более двухсот лет был под влиянием иезуитского монашеского ордена. В 1800 г. Университет был перенесён курфюрстом Максимилианом Йозефом IV в г. Ландсхут. В Мюнхене Университет находится с 1826 года и носит имена короля Максимилиана и Людвига Богатого.
В 20 веке Университет стал шире. С 1913 года в состав Университета вошла ветеринарная школа, на основе которой впоследствии был сформирован ветеринарный факультет. С 1967 года существует факультет евангелической теологии. В 1972 году в состав Университета вошёл и педагогический факультет.
В настоящее время Университет имени Людвига Максимилиана является самым крупным из всех немецких научно-исследовательских и учебных комплексов. В его состав входит Центр биотехнологии, кстати, единственный в Европе. Также при Университете функционируют институты астрофизики и астрономии.